难检DNA样品分型检测新进展
据上海情报服务平台消息,在法医DNA检验中,STR(短串联重复序列)技术已经广泛用于个人识别和亲权鉴定方面。但低拷贝数量的DNA和/或高降解的DNA样本(难检DNA样本)的STR分型仍是法医学DNA检验的难题。扩增前引物延伸(IPEP)、全基因组扩增和MiniSTR(在设计引物时,使其结合在更靠近核心重复序列的侧翼序列,PCR扩增的产物就会比STR基因座更短一些)等技术的应用,使难检DNA样本的STR分型成功率获得提高。本文就50pg以下拷贝数量的难检DNA样本分型检测进展介绍如下:
上海市刑事科学技术研究所周怀谷等建立基于多重置换扩增(MDA)技术的全基因组扩增法,采用REPLI-g试剂盒对样本进行等温全基因组扩增,扩增产物采用PronlerPlus试剂盒确定样本的十个STR基因座的等位基因型。10pgDNA模板经全基因组扩增后,能够进行DNA分型。
南方医科大学法医学研究所陈玲等用改良IPEP法对痕量样品DNA进行全基因组扩增,扩增产物用实时荧光定量PCR技术定量、用AmpFLSTRIndentifiler试剂盒作基因型检测。结果:该方法可增加模板DNA约200-1100倍。基因组DNA不低于0.025ng时,可获得15个STR基因座和Amelogenin性别基因座的分型结果。基因组DNA0.01-0.025ng时,可获得9个以上基因座的分型结果。
美国俄亥俄大学化学和生物化学部的Chung等利用重新设计引物序列(Miniplexes),开发了STR标记,并就miniSTR对降解DNA模板的扩增效率进行了评价。从不同环境下收集的两个人骨骼残留样本,当DNA模板量低至31pg/25μL,利用miniSTR技术仍可得到正确的分型。
中佛罗里达大学HansonEK等研究了一种改进的全基因组扩增策略,采用微小的,但重要的改良的引物延伸预扩增(改良-IPEP-PCR)。5pg的DNA模板(相当于1-2个双倍体细胞)就能获得全部常染色体STR和Y-STR图谱。在外部环境中暴露1年的血迹中DNA,经过mIPEP处理,可获得部分Y-和常染色体STR图谱。一个皮纹指印接触DNA经过mIPEP可获得STR图谱。
加拿大维多立亚警察法医学服务部Ballantyne等对两种可利用的商业试剂GenomePlex和GenomiPhi分析LCN和高降解的DNA样本进行了研究。与非全基因组扩增的对照DNA样本相比,10pg的模板,利用GenomePlex和GenomiPhi试剂分型的成功率增加超过700%。利用全基因组扩增,降解DNA的扩增成功率也得到改善。利用限制性酶获得模拟的降解DNA,证明能获得先前不能扩增的STR位点的分型。
韩国延世大学医学院的Park等为提高降解DNA模板Y-STR分型的成功率,为21个Y-STR位点开发了两套多重PCR。除了商业化的Y-STR试剂盒AmpFlSTR(R)Yfilertrademark的17个Y-STR位点(DYS19,DYS385,DYS389-I,DYS389-II,DYS390,DYS391,DYS392,DYS393,DYS437,DYS438,DYS439,DYS448,DYS456,DYS458,DYS635,和GATAH4.1),其他四个位点(DYS388,DYS446,DYS447和DYS449)也包括在多元系统中,以增加辨别能力。在总的21个Y-STR位点,8个位点(DYS385,DYS390,DYS438,DYS446,DYS448,DYS449和DYS635)是新合成的,九个位点(DYS385,DYS390,DYS391,DYS392,DYS438,DYS439,DYS448和DYS635)的R产物长度小于AmpFlSTR(R)Yfilertrademark试剂盒的扩增产物。利用连续稀释的标准9948男性DNA,进行敏感性评价。结果表明,当模板的浓度低至30pg,Y-miniplexes的Y-STR位点的所有值都是可信的。利用酶降解的DNA和30个骨骼残留物(50岁),对开发的两套多重PCR系统和AmpFlSTR(R)Yfilertrademark试剂盒的分型效果进行对比。证明以降解DNA作为模板,新的Y-miniplex系统获得的信号优于AmpFlSTR(R)Yfilertrademark试剂盒。
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