1991年4月23日晚上9时许，在南波士顿洛克斯伯里辖区，87岁高龄的莫迪·汉德丝在二楼住宅被玻璃破碎的声音惊醒，她手拿电筒与锤子下楼查看。在房间后面的回廊她惊动了一个窃贼。该窃贼殴打了莫迪·汉德丝并将其扼死。在离开杀人现场之前，窃贼洗劫了莫迪·汉德丝的卧室。

　　波士顿警察局接到报案后立即派警察赶赴现场，现场勘查人员在回廊上发现了多个带有血迹的玻璃碎片。侦查人员猜测，窃贼打碎了一扇玻璃，该扇玻璃割破了罪犯的手并导致伤口流血。从玻璃碎片上面粘附的血迹中，席尔瓦警官提取到6枚指纹，并于1991年5月提交给联邦调查局。联邦调查局在该年8月回复，未能发现符合的嫌疑对象。在该案中，现场勘查人员提取了大量的法庭科学证据，但是却无法找到犯罪嫌疑人。

　　负责该案侦查工作的席尔瓦警官调到波士顿警察局鉴定部门工作数年之后，他继续开展该案的侦查工作，并将其提取的潜在指纹输入到自动指纹识别系统，但是，在6个州都未能发现符合的对象。

　　在2000年3月，波士顿警察局潜在指纹鉴定专家丹尼斯·里布兰克解密了从1991年的案发现场提取的诸多指纹，并将其通过电子媒体发送到联邦调查局，作为波士顿地区运用新式自动指纹识别系统的首个案件。几个小时之后，该系统产生了10个可能的符合对象，并交由里布兰克继续进行鉴定。里布兰克认定了其中一个对象，并找到了犯罪嫌疑人。

　　后续的侦查工作证实，该名犯罪嫌疑人仍然居住在该区域。随后，侦查人员将潜在指纹证据与杀人案件侦查报告提交给萨克福郡地区检察官办公室接受审查。最终，在该案案发后的第9年零5天，即2000年4月28日早晨，洛克斯伯里地区法院签发了逮捕令。随后，侦探简·特里兹和保罗·麦克拉伦逮捕了这名28岁的男子，他承认了自己当年潜入该建筑物并实施了犯罪行为。

　　联邦调查局于1989年提出设想，于1993年开始研发，于1999年投入使用。通过十指指纹鉴别设施与罪犯历史记录信息，整合的自动指纹识别系统已经悄悄地改变了刑事鉴定工作的历史。该系统特别有助于通过使用潜在指纹证据侦破那些尚未侦破的冷案。在该系统的研发过程中，联邦调查局的潜在指纹鉴定机构与研发组针对1997年3月至1999年7月之前的真实案件开展潜在指纹识别工作，总共得出了93个符合的结论，涉及64个案件中的69个犯罪嫌疑人。

　　最初设计的目标是每天处理635个潜在指纹的对比工作，24小时内完成潜在指纹的比对工作；不过目前，该系统每天至少可以处理1000个潜在指纹的比对工作，可以在4至6小时内完成比对工作。

　　由于首次提供了远程的潜在指纹搜索服务，佛罗里达州、伊利诺伊州、密西西比州、纽约州、得克萨斯州、威斯康星州以及波士顿市等地已经大范围开始应用整合自动指纹识别系统，并且都取得了较好的成效。许多杀人案件的指纹比对工作都得出了符合的结论，并由此侦破了案件。其中的某些案件，指纹已经输入到该州的自动指纹识别系统之中，但是，在潜在指纹的比对过程中，未能得出符合的结论。整合的自动指纹识别系统完善了相关的技术，从而使得那些在州的指纹识别系统中无法有效比对的潜在指纹也能够得出符合的结论。

　　尽管技术比较先进，不过，潜在指纹的自动搜索结果也在很大程度上依赖于联邦调查局指纹档案图像的质量，以及犯罪现场获取的指纹图像的质量。不过，在很多情况下，从犯罪现场获取的指纹图像都是局部图像，图像质量较差。即使嫌疑人的指纹档案包括在潜在指纹档案之中，潜在指纹搜索的成功率也仅仅为65%左右。

　　不过，即使犯罪嫌疑人的指纹并未包含在指纹档案之中，也可能因为再次犯罪而被逮捕，从而将其指纹输入到指纹档案之中。整合的自动指纹识别系统包含一个“未破案件潜在指纹档案”以及相应的指纹搜索特征。如果潜在指纹的搜索未能奏效，检验人员就会将潜在指纹输入到“未破案件潜在指纹档案”之中。每次向指纹档案之中输入新的指纹时，都需要事先在“未破案件潜在指纹档案”进行搜索。如果新输入的指纹与未破案件的潜在指纹相符合，系统就会通知检验人员。

　　为了将潜在指纹提交该系统进行搜索，执法机构必须建立潜在指纹工作站并且建立网络链接。同时，联邦调查局免费提供个人电脑可以使用的相关软件。

　　联邦调查局刑事司法信息服务部门的广域网可以建立与整合的自动指纹识别系统的链接。该广域网可以支持潜在指纹和十指指纹的比对工作。各州的警察机构在进入该广域网之前，应当与国家犯罪信息中心在各州的控制终端官员或者各州鉴定局的代表取得联系。目前，约有半数以上的州向整合的自动指纹识别系统提交十指指纹的搜索请求，只有6个州和1个城市提交了潜在指纹的搜索请求。许多州还无法建立一线犯罪现场勘查人员以及鉴定部门与整合的自动指纹识别系统的联系。

　　如果各州的基础设施符合要求，联邦调查局刑事司法信息服务部门将为全国的大城市建立与整合的自动指纹识别系统的直接链接。如果获得了各州控制终端官员或者鉴定局代表的允许，各州的实验室或者执法机构还可与整合的自动指纹识别系统建立加密的拨号上网链接。刑事司法信息服务部门将会提供通信装备、加密设施、以及潜在指纹工作站软件。申请机构必须提交个人计算机以及拨号电话线路。

　　在投入使用的第一年，整合的自动指纹识别系统就录入了14,415,249份十指指纹记录（55%为刑事案件，45%为民事案件），并且认定了5,828,337个犯罪嫌疑人。由于提交的绝大多数记录都是电子记录，因此，消除了处理指纹卡片档案所导致的时间延误。目前，许多刑事鉴定工作可以在两个小时之内完成，70%的案件可以在一个小时内完成，民事鉴定通常需要在24小时内完成。

　　该系统每月可以认定8000名逃犯，这些逃犯都是在其他辖区被逮捕的。许多逃犯此前经常谎报姓名，不过，如果现在继续谎报姓名，还可能面临隐匿真实身份的指控。